突然githubへ接続できなくなった。
sign_and_send_pubkey: signing failed for RSA "/home/user/.ssh/id_rsa" from agent: agent refused operation
~/.ssh/config は正しく設定されており、~/.ssh のパーミッションが 700、~/.ssh/* のパーミッションが 600 になっていることも確認できた。
github - Permission denied (publickey) error when using Git? - Stack Overflow
に解決策が書かれている。
を実行すればよい。