Fedora 30にアップグレードしたら、指紋認証がまた無効になりました。
Configuring a fingerprint reader - Fedora Project Wiki
に書かれていたものは古いもので、使用する設定ツールであるsystem-config-authenticationはFedora 30にアップグレードの際に削除した。
正しいコマンドは
4.6. authconfig を使用した指紋の設定 - Red Hat Customer Portal
に書かれていた。
# authconfig --enablefingerprint --update
でした。